8.363.300 électeurs sud-africains ont été appelés à élire mercredi 2 juin 1999 à la proportionnelle intégrale 400 députés à l'Assemblée nationale qui éliront à leur tour, le 14 juin, le nouveau président. Ils éliront aussi 427 représentants répartis dans neuf assemblées provinciales dotées de larges pouvoirs. Pour la première fois dans l'histoire de l'Afrique du Sud a été établi un registre électoral national mis en place par la Commission électorale indépendante (IEC). Selon l'IEC, 80% des citoyens sud-africains en âge de voter se sont inscrits sur cette liste électorale nationale. L'électeur, après avoir été identifié dans son bureau de vote et avoir eu son pouce marqué à l'encre indélébile, se verra remettre deux bulletins: l'un comprenant les noms des seize partis présentant des listes nationales pour l'élection à l'Assemblée nationale, l'autre comprenant les noms des partis présentant des listes à l'assemblée provinciale. Sur ces deux bulletins, chaque parti est identifié par son nom, son logo et une photo de la tête de liste. L'électeur doit inscrire une croix en face du parti de son choix.

Après le décompte des voix de chaque parti, 200 sièges de l'Assemblée nationale sont alloués aux partis, proportionnellement aux suffrages obtenus à l'échelon national. 200 autres sièges de députés sont divisés entre les provinces et répartis selon les voix obtenus par les listes nationales dans chaque province. Ce système avait été mis en place en 1994.

Le nouveau Parlement se réunira le 14 juin au Cap pour élire le nouveau président sud-africain, dont l'investiture officielle se déroulera le 16 juin à Pretoria lors d'une journée de fête sur fond de match international de football, de concerts et en présence d'un grand nombre de dirigeants étrangers. Quelque 4.600 personnalités, dont des artistes, intellectuels et dirigeants du continent africain, assisteront à l'investiture par le président de la Cour constitutionnelle du futur chef de l'Etat, très vraisemblablement l'actuel président du Congrès national africain (ANC, au pouvoir) et vice-président du pays Thabo Mbeki, devant Union Buildings, siège du gouvernement à Pretoria.