Sa première apparition notoire sur la scène politique ivoirienne remonte aux années 80. A l'époque, commandant en chef des sapeurs pompiers militaires, il avait cru bon de mettre les véhicules de son état-major à la disposition de son épouse, candidate aux élections municipales, pour lui permettre de faire une belle campagne électorale. En guise de sanction, il est affecté à Korhogo, dans le Nord du pays.
En 1990, le président Houphouët-Boigny l'appel en renfort pour calmer une rébellion de jeunes recrues, qui protestait contre les retards de salaires. Et déjà, son destin va croiser celui de d'Henri Konan Bédié, puisque c'est un de ses proches, le colonel Gustave Ouffoué, à l'époque sous-chef d'état-major des Forces armées nationales ivoiriennes (FANCI), qui endossa la responsabilité de cette mutinerie.
Ayant gagné la toute confiance d'Houphouët-Boigny, Guéï est nommé chef d'état-major des FANCI, mais il n'est encore que colonel

En 1991, au plus fort d'une révolte étudiante, il ordonne, le 17 juin, une expédition punitive à la cité universitaire de Yopougon. Les étudiants - et surtout les étudiantes - ont gardé un très mauvais souvenir de cette intervention musclée menée par les éléments des FIRPAC (Forces d'intervention rapide-para commandos), un corps d'élite créé par Guéï.
Alors qu'il est mis en cause par une commission d'enquête sur ces exactions, Gueï est élevé au grade de général "pour services éminents rendus à la nation" ! Il peut dès lors dire merci à Houphouët-Boigny, et l'on comprend mieux, à la fois son attachement au "vieux", et sa volonté affichée par la suite de forger une image "propre" à l'armée .

Arrive l'élection présidentielle d'octobre 1995. Les incidents se multiplient avec les militants de l'opposition bien décidés à appliquer le mot d'ordre du boycott actif. En août, en pleine campagne électorale, il refuse l'idée que l'armée descende dans la rue pour le scrutin prévu trois mois plus tard. "L'armée n'intervient que lorsque la République est en danger", déclare-t-il.
Lorsque le président lui demande de faire intervenir l'armée en octobre, au moment même de l'élection présidentielle, il réclame un ordre de réquisition écrit.
Il est destitué de son poste de chef d'état-major à la veille du scrutin pour être aussitôt "nommé" ministre du Service civique, un ministère qui n'a jamais vu le jour.
Une poignée de ses fidèles dans l'armée sont arrêtés, mais pas lui. Les rumeurs de tentative de coup d'Etat qu'il aurait voulu perpétré le jour de l'élection commencent.
Gueï se mure dans un silence étonnant, alors que ses anciens compagnons d'armes restent détenus. Il est nommé par la suite ministre de la Jeunesse et des sports. Puis les accusations se précisent. La nouvelle hiérarchie militaire réclame des sanctions contre les auteurs du coup d'Etat présumé, Gueï compris. En novembre 1996, il est donc officiellement accusé, avec un petit nombre d'autres gradés, d'avoir tenté de fomenter un coup d'Etat et est révoqué de l'armée.
En septembre 1999, il a bénéficié d'une loi d'amnistie mais n'a pas été réhabilité.

Gueï le "légaliste" affirme aujourd'hui avoir été appelé par mutins pour prendre la tête de leur mouvement, et réfute l'idée d'avoir préparé ce coup d'Etat. L'histoire de ces derniers événements reste encore à écrire. A quoi pensait-il lorsqu'il déclara, en octobre 1995, en passant le flambeau à son successeur à la tête de l'armée : "La meilleure façon de ne pas partir, c'est de partir", empruntant ces mots à l'écrivain français, Georges Duhamel ?